Cara, eu pensaria em uma estrutura de monorepo.
* Uma lib só com os componentes base, todos eles absolutamente dummy;
* Uma lib com os containers, filtros, o que for genérico a ser reaproveitado em outros projetos;
* E cada projeto utilizando as libs criadas;

Como cada projeto possui sua pasta independente com seus package.json, nele você pode estruturar o storybook de cada lib.

É importante também verificar as interdependências das libs.